7 października 1926 r. Rada Miejska Gdyni przyjęła uchwałę o budowie przemysłu stoczniowego w tym mieście. Datę tę przyjmuje się jako moment powstania pierwszej gdyńskiej stoczni, której tradycje przejęła Stocznia Remontowa Nauta.

Początków przemysłu stoczniowego w Gdyni można doszukać się już na początku lat 20.  Minionego stulecia, kiedy to w rejonie ulicy Waszyngtona Franciszek Liedtke otworzył warsztat szkutniczy zajmujący się budową kutrów rybackich. Nazwa Nauta po raz pierwszy pojawiła się w 1927 r., wtedy grupa inżynierów (Witold i Zygmunt Andruszkiewiczowie, Stanisław Kisiel i Samuel Elper) założyła przedsiębiorstwo o tej właśnie nazwie.

W początkach działalności Nauta produkowała barki, holowniki, szalandy oraz jednostki pomocnicze, wykorzystywane do budowy portu w Gdyni. Pierwsze dziesięciolecie to okres bardzo burzliwy w historii stoczni, już po 8 miesiącach od rozpoczęcia działalności jej obiekty przejęła Stocznia Gdyńska, którą z kolei w 1928 przejęła konkurencyjna Stocznia Gdańska. W 1936 r. w wyniku działań akcjonariuszy Stoczni groziła likwidacja. Wtedy z pomocą przyszła miejscowa prasa, władze miasta oraz instytucje lokalne i państwowe – Gmina wykupiła wszystkie akcje, a następnie uchylono decyzję o likwidacji.

Po przejęciu stoczni przez miasto władze stoczni wydzierżawiły nowe tereny i rozbudowana warsztaty. Stocznia zwiększyła też zatrudnienie i wynegocjowała kontrakt na budowę pełnomorskiego statku stalowego. Koniec lat trzydziestych zapowiadał się optymistycznie. Niestety rozwój stoczni przerwał wybuch II wojny światowej. W wyniku działań wojennych ponad 98% stoczniowych maszyn i urządzeń zostało zniszczonych. 

Po wojnie na terenach należących dziś do Nauty działały trzy przedsiębiorstwa: Zakład Złomowania Wraków, Remontowa Obsługa Statków oraz Stocznia Rybacka, w 1952 dwa ostatnie połączyły się, tworząc Gdyńską Stocznię Remontową. Początkowo stocznia zajmowała się budową i remontami niewielkich łodzi rybackich i technicznych. W tym czasie stocznię wyposażono w pochylnię, która pozwalała wodować jednostki o długości do 150 m oraz zakupiono pierwszy dok pływający (o nośności 1200 t). Kolejne ważne inwestycje przeprowadzono w latach 60. – oddano wtedy do użytku nowe hale i budynki administracyjno-produkcyjne, zakupiono także kolejne dwa doki pływające (o nośności 3500 i 4500 ton).

W obecnym kształcie Nauta działa od początku 1999r., kiedy w wyniku komercjalizacji przedsiębiorstwo państwowe zostało przekształcone w spółkę akcyjną. Impulsem do dalszego rozwoju Nauty, była niewątpliwie przeprowadzka na tereny przy Czechosłowackiej. W zakładzie przy ul. Waszyngtona Nauta miała ograniczone możliwości techniczne i powierzchniowe. Dziś stocznia remontuje nawet największe jednostki wpływające na Bałtyk –  największym statkiem w historii Nauty był zbiornikowiec m/t Grena (dług. ponad 277 m, szer. 46 m), remontowany w 2013 r.  

Bardziej rozległe zaplecze produkcyjne dało stoczni możliwość zdywersyfikowania działalności. Obecnie oprócz remontów cywilnych stocznia remontuje również jednostki specjalne oraz buduje nowe statki i konstrukcje stalowe. W trakcie powojennej działalności Nauta wykonała m.in. kilkanaście tysięcy różnego rodzaju remontów, wybudowała ponad 400 nowych jednostek rybackich i statków pomocniczych, ponad 80 skomplikowanych konwersji.   

Stocznia wykonuje zarówno standardowe remonty klasowe i awaryjne, jak też bardziej skomplikowane konwersje i przebudowy. Trzy lata temu Nauta uruchomiła w Gdańsku Zakład Nowych Budów, co pozwoliło na dywersyfikację produkcji. Zakład Nowych Budów specjalizuje się w budowie nowoczesnych statków rybackich, naukowo-badawczych oraz do obsługi sektora offshore. Istotnym segmentem działalności Nauty jest produkcja specjalna. Niemal od początku działalności stocznia jest jednym z kluczowych dostawców usług dla Marynarki Wojennej RP.